On lit partout que la subrogation disparaît le 1er octobre. Pour un CFA, cette phrase est fausse dans son cas le plus courant, et vraie pour une partie de son activité qu'il oublie souvent.

Ce qui se passe réellement : la réforme de la TVA applicable aux OPCO entre en vigueur au 1er octobre 2026. Elle ne change ni les critères d'éligibilité, ni les plafonds, ni le montant pris en charge. Elle change le circuit de paiement, qui paie qui, en TTC ou en HT, et dans quel ordre.

Pour l'apprentissage, ce circuit ne bouge pas. Pour le contrat de professionnalisation, la reconversion et les actions multi-financées, il bascule. Si votre établissement ne fait que de l'apprentissage, vous pouvez lire la section 2 et vous arrêter là. S'il est aussi organisme de formation et c'est le cas de la majorité des CFA, c'est la section 3 qui vous concerne.

1. Ce qui entre en vigueur le 1er octobre, en cinq lignes

Tableau fondé sur les communications de la Direction de la législation fiscale et des OPCO, septembre 2026.

Un point de méthode à garder en tête : chaque OPCO publie ses propres modalités de mise en œuvre. Les grandes lignes sont communes, mais les consignes de facturation — identifiant de réception, code de routage, champ où porter le numéro de dossier — diffèrent. Ne transposez jamais la consigne d'un OPCO à un autre.

2. Dispositif par dispositif : qui garde la subrogation

Tableau fondé sur les communications d'OPCO Mobilités, de l'Opcommerce, d'AKTO, d'OPCO EP et d'Atlas publiées entre juillet et septembre 2026. Vérifiez les conditions exactes auprès de chaque OPCO avant facturation.

Pour votre activité d'apprentissage, retenez une phrase : vous continuez à facturer l'OPCO, selon les modalités actuelles. Les quatre tranches de versement, le certificat de réalisation pour le solde, le NPEC du référentiel unique : rien de tout cela n'est touché par la réforme. Nos clients utilisent d'ailleurs fréquemment ces services, grâce à l'API convergence déployé chez Linkpick.

3. Pourquoi les OF-CFA mixtes sont les plus exposés

Un CFA qui prépare aussi des contrats de professionnalisation ou accueille des salariés en reconversion va, à partir du 1er octobre, gérer deux circuits de facturation en parallèle pour des apprenants assis dans la même salle.

Trois risques concrets en découlent.

Le risque de trésorerie. L'entreprise doit désormais avancer le coût de la formation avant d'être remboursée. Pour une PME, c'est un frein réel. Attendez-vous à des négociations sur les échéanciers, voire à des départs en formation reportés.

Le risque de facture mal adressée. Une facture de contrat de pro envoyée à l'OPCO par habitude sera rejetée — ou, pire, restera sans réponse. Il faut que votre équipe administrative sache, dossier par dossier, qui est le payeur.

Le risque de relance oubliée. Votre processus de relance est probablement calé sur les OPCO. Il faut en créer un second, pour les entreprises, avec d'autres interlocuteurs et d'autres délais.

4. La date d'engagement du dossier fait foi

C'est le même réflexe que pour le NPEC : ce n'est pas la date de la formation qui compte, c'est la date d'engagement du dossier par l'OPCO.

Un dossier accordé avant le 1er octobre peut conserver l'ancien circuit, même si la formation se déroule après cette date — dans les conditions fixées par chaque OPCO. Plusieurs OPCO ont d'ailleurs invité les entreprises à transmettre leurs dossiers complets en septembre pour bénéficier encore de la subrogation.

Conséquence pratique : pendant plusieurs mois, vous aurez dans le même dispositif des dossiers sous l'ancien régime et des dossiers sous le nouveau. Il faut pouvoir les distinguer dès l'inscription.

5. Ne pas confondre avec la facturation électronique

Deux réformes tombent au même moment, et beaucoup de CFA les confondent.

Sur la facturation électronique, un point mérite d'être vérifié avec votre expert-comptable avant toute conclusion : les opérations exonérées de TVA ne sont pas soumises à la facturation électronique. Or une partie des actions de formation professionnelle relève d'un régime d'exonération. Le périmètre exact dépend de la situation de votre structure. Évitez le raccourci « toutes nos factures passent en électronique » comme son inverse.

6. Ce qu'il faut vérifier cette semaine

1. Lister vos dispositifs actifs : apprentissage seul, ou aussi contrat de pro, reconversion, formation continue ?

2. Pour chaque OPCO avec lequel vous travaillez, récupérer ses consignes de facturation post-1er octobre : identifiant de réception, code de routage, champs obligatoires.

3. Identifier les dossiers engagés avant le 1er octobre qui conservent l'ancien circuit.

4. Adapter vos modèles de facture pour faire apparaître clairement le client, le financeur, le numéro de dossier, le régime de TVA et le montant pris en charge.

5. Créer un circuit de relance entreprises, distinct de celui des OPCO.

6. Prévenir vos entreprises partenaires qui recrutent en contrat de pro : elles vont devoir avancer le TTC. Mieux vaut qu'elles l'apprennent par vous que par leur comptable.

7. Comment Linkpick sécurise votre facturation

Quand les circuits se séparent selon le dispositif, la difficulté n'est plus de produire une facture : c'est de savoir, pour chaque dossier, qui doit la recevoir et où elle en est.

• Facturation et comptabilité OPCO — depuis chaque dossier apprenant ou depuis la vue comptable globale, vous générez vos déclarations de prise en charge et vos factures, avec des montants calculés automatiquement et liés aux contrats.

• Suivi des statuts en temps réel — chaque facture est suivie : transmise, à venir, en attente, réglée, non aboutie. C'est ce qui permet de repérer immédiatement une facture partie au mauvais destinataire.

• Interconnexion avec les 11 OPCO — télétransmission des dossiers depuis une interface unique, sans jongler entre les portails.

• Export PDF de chaque facture pour l'envoi aux entreprises.

Vous gérez à la fois de l'apprentissage et des contrats de pro ? Voyez comment Linkpick suit vos factures OPCO et entreprises depuis une seule vue.

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